Giống như bản gốc Metal Gear Solid, đã nhận được đánh giá xuất sắc từ giới phê bình, The Twin Snakes còn nhận được số điểm 85.58% và 85/100 từ GameRankings và Metacritic,[16][17]. IGN chấm cho The Twin Snakes số điểm 8.5/10, ca ngợi đồ họa vượt trội của nó và so sánh sự trình diễn những cảnh phim đầy kịch tính.[18] GameSpot cho số điểm 8.2/10 hoặc "Tuyệt vời" dựa trên quy mô của game,[3] Eurogamer xếp loại The Twin Snakes là 8/10 và Gaming Age thì sắp hạng "A-". Tạp chí game của Mỹ Game Informer cho The Twin Snakes số điểm 9.25/10, biểu dương lối chơi và đồ họa được cải tiến của nó, và còn kể lại một cách thành thật về cốt truyện nguyên gốc của Metal Gear Solid.[19]

Dù nhận được đánh giá chung có phần thuận lợi, The Twin Snakes cũng phải hứng chịu sự chỉ trích. Theo GamePro, game có một "suy giảm tốc độ khung hình và những vụ giảm tốc xảy ra khi quá nhiều hoạt động chèn ép màn hình."[20] Các yếu tố trong lối chơi mới từ MGS2 cũng bị chỉ trích là không cần thiết, như việc thiết kế màn chơi hầu như không thay đổi từ MGS1,[20] và thậm chí "hủy hoại sự thử thách... và hoàn toàn làm hỏng ít nhất một trận đấu trùm."[21]